Σύμφωνα με τον μύθο, οι Δελφοί, το πιο σημαντικό ιερό της Ελλάδος, ήταν το κέντρο του κόσμου, γιατί σ' αυτό εδώ το μέρος συναντήθηκαν οι δύο αετοί, όταν ο Δίας τους άφησε ελεύθερους, τον έναν από την ανατολή και τον άλλον από την δύση.
Το μαντείο αρχικά ανήκε στην θεά Γαία, και μόνο όταν ο Απόλλων σκότωσε το παιδί της, το ερπετό Πύθων, έγινε ο δικός του οίκος λατρείας.
Ένας άλλος μύθος μας λέει, ότι ο Απόλλων μεταμορφώθηκε σε δελφίνι και οδήγησε ένα Κρητικό πλοίο στο μέρος αυτό, καθοδηγώντας τους ναυτικούς να χτίσουν εκεί το ιερό του (οι Δελφοί πήραν το όνομα τους από την αρχαϊκή λέξη δελφίς = δελφίνι ή όπως υποστηρίζουν άλλοι από την ξενική λέξη delf, που σημαίνει κοίλος και η οποία χαρακτηρίζει την τοποθεσία).
Οι Δελφοί αναδείχθηκαν κατά τον έβδομο αιώνα π.Χ., όταν έγινε το κέντρο της Αμφικτιονικής Συμμαχίας.
Το 585 π.Χ., ο τύραννος Κλεισθένης της Σικυώνος απελευθέρωσε τους Δελφούς από την πόλη της Κρίσσας και την κώμη της Κίρρας, οι οποίες επέβαλαν υπέρογκα ποσά στους επισκέπτες που έφθαναν στο λιμάνι τους, για να ζητήσουν την βοήθεια του μαντείου και πολλές φορές τους λήστευαν.
Με την βοήθεια της Αμφικτιονικής Συμμαχίας (Αθηναίων, Θεσσαλών κτλ.), ο Κλεισθένης απέκλεισε το λιμάνι της με τον στόλο των Σικυωνίων και μετά από μακρά πολιορκία, η οποία κράτησε δέκα χρόνια, κατέλαβε και κατέστρεψε ολοσχερώς την Κίρρα (πρώτος ιερός πόλεμος 595-585 π.Χ.).
Ο Κλεισθένης έχτισε καινούργιο θησαυροφυλάκιο και διοργάνωσε τους Πυθικούς Αγώνες μεγαλειωδώς, κάθε τέσσαρα χρόνια, σαν τους αγώνες της Ολυμπίας (από ένα μόνο μουσικό άθλημα, πρόσθεσε αρματοδρομίες, πυγμαχία, τρέξιμο, κλπ.). Το ιερό ανατέθηκε στην προστασία της Συμμαχίας, η οποία τώρα ονομάσθηκε και Δελφική Αμφικτιονία.
Όταν οι Πέρσες εισέβαλαν στην Ελλάδα, ο Ξέρξης έστειλε μεγάλη δύναμη στους Δελφούς (Σεπτέμβριος του 480 π.Χ.), με σκοπό να τους λεηλατήσουν. Όταν το έμαθαν οι κάτοικοι των Δελφών, προσπάθησαν να απομακρύνουν τους θησαυρούς του ιερού, αλλά αυτό απαγορεύτηκε από τον θεό.
Τα ιερά όπλα, τα οποία ήταν κρεμασμένα σε ένα κελί μέσα στο εσωτερικό του ναού και ήταν μεγάλη ιεροσυλία να τα αγγίξεις, βρέθηκαν έξω από την πόρτα του κελιού, σαν ο θεός να επενέβη, για να δώσει τα όπλα στους υπερασπιστές.
Όταν όμως οι Πέρσες ανέβηκαν την πλαγιά του Παρνασσού και έφθασαν στον ναό της Προνοίας Αθηνάς, ξέσπασε ραγδαία βροχή και μια θύελλα τρομακτική, με δυνατές βροντές και κεραυνούς και ένας τρομερός θόρυβος ακούστηκε από δύο πελώριους βράχους, που ξεκόλλησαν από τις Φαιδριάδες. Πελώρια κομμάτια βράχων κατρακύλησαν από τον Παρνασσό και δυνατές κραυγές ακούστηκαν από το ιερό της Αθηνάς. Οι βράχοι πέφτοντας επάνω στους Πέρσες, προκάλεσαν μεγάλη καταστροφή και οι επιζώντες έφυγαν με πανικό, κυνηγημένοι όπως είπαν αργότερα από δύο υπερφυσικούς πολεμιστές. Οι ιερείς αργότερα βεβαίωσαν ότι οι δύο πολεμιστές ήταν οι ήρωες Φύλακος και Αυτόνους, των οποίων τα ιερά ήταν πλησίον. Ολόκληρη η Ελλάδα έμαθε ότι ο Απόλλων επενέβη και έσωσε το ιερό.
Το 356 π.Χ., οι Φωκείς κατέλαβαν την περιοχή και έκλεψαν τα κειμήλια του, μέχρις ότου ο Φίλιππος, βασιλιάς της Μακεδονίας, δέκα χρόνια αργότερα το 346 π.Χ., το απελευθέρωσε.
Τα γεγονότα αυτά λεπτομερώς έχουν ως εξής: οι Θηβαίοι κατηγόρησαν τους Φωκείς στην Αμφικτιονική Συμμαχία, ότι κατέλαβαν μια μεγάλη περιοχή από το μαντείο. Η Συμμαχία τους βρήκε ένοχους και τους διέταξε να πληρώσουν ένα μεγάλο πρόστιμο.
Οι Φωκείς οι οποίοι δεν μπορούσαν να πληρώσουν το πρόστιμο, πήραν τα όπλα και διάλεξαν ως αρχηγό τους τον ληστή Φιλόμηλο, ο οποίος κατέλαβε τους Δελφούς και σκότωσε πολλούς από τους ιερείς. Για να δικαιολογήσει τις πράξεις του, διέταξε την Πυθία να βγάλει ένα χρησμό που να λέει, ότι όλα αυτά που έγιναν, ήταν πεπρωμένο να γίνουν.
Όταν η Πυθία αρνήθηκε, την ανέβασαν με την βία στο τρίποδο και όπως ήταν τρομοκρατημένη από τις λόγχες των στρατιωτών, είπε:
"είσθε ελεύθεροι να κάνετε ότι θέλετε".
Μετά από αυτό, ο Φιλόμηλος λεηλάτησε το θησαυροφυλάκιο των Δελφών. Με τα χρήματα που πήρε (αξίας εξήντα εκατομμυρίων Αττικών δραχμών της εποχής), δημιούργησε ένα στρατό με μισθοφόρους και δωροδόκησε πολλούς αρχηγούς Ελληνικών πόλεων. Η Αμφικτιονική Συμμαχία τους πολέμησε όλους αυτούς, σε ένα πόλεμο που κράτησε δέκα χρόνια. Τον δεύτερο χρόνο του πολέμου, ο Φιλόμηλος αυτοκτόνησε, πέφτοντας σε μια χαράδρα για να αποφύγει την σύλληψη του.
Την θέση του πήρε ο αδελφός του Ονόμαρχος, ο οποίος πολέμησε τον βασιλιά Φίλιππο σε πολλές σκληρές μάχες και τον νίκησε, αλλά στο τέλος νικήθηκε από τον Φίλιππο στον Ορχομενό και ξανά στην μεγάλη μάχη του Παγασητικού κόλπου. Έξι χιλιάδες Φωκείς σκοτώθηκαν στην μάχη και άλλους τρεις χιλιάδες αιχμάλωτους, τους πέταξαν στην θάλασσα για να πνιγούν, τιμωρία για την ιεροσυλία.
Άλλες χρήσιμες πληροφορίες για την ιστορία των Δελφών είναι:
Ο Μέγας Αλέξανδρος παραβίασε την ιερότητα των Δελφών και ανάγκασε την Πυθία να δώσει τον χρησμό που αυτός ήθελε.
Το 279 π.Χ., οι Γαλάτες εισέβαλαν στην Ελλάδα και έφθασαν μέχρι τις πύλες των Δελφών, το οποίο σώθηκε από τις πέτρες και τους βράχους που έριξαν οι κάτοικοι, από την τοποθεσία Φαιδριάδες αναγκάζοντας τους να αποσυρθούν.
Κατά την περίοδο της Ρωμαϊκής κατοχής, το ιερό υπέστη ζημιές αλλά και ευεργετήθηκε από διάφορους αυτοκράτορες.
Ο στρατηγός Σούλα λεηλάτησε την περιοχή, για να πληρώσει τα έξοδα που έκανε για την κατάληψη των Αθηνών.
Ο Αύγουστος και Αδριανός το ευεργέτησαν και ο Ηρώδης ο Αττικός ξανάκτισε το στάδιο.
Ο Νέρων πήρε μαζί του στην Ρώμη, 500 αγάλματα από τους Δελφούς.
Ο Μεγάλος Κωνσταντίνος μετέφερε στην Κωνσταντινούπολη τα καλύτερα έργα.
Ο αυτοκράτωρ Θεοδόσιος έκλεισε το μαντείο και απαγόρευσε την αρχαία λατρεία.
Όταν ο Ιουλιανός ο Αποστάτης προσπάθησε να επαναφέρει πίσω την Ελληνική θρησκεία και ζήτησε την συμβουλή του μαντείου, η Πυθία του έδωσε τον ακόλουθο χρησμό:
"Πες στον βασιλιά ότι οι τοίχοι έχουν πέσει σε σήψη;
Ο Απόλλων δεν έχει πλέον ναό, ούτε προφητείες,
ούτε Κασταλία πηγή. Το ρυάκι, που είχε τόσα να πει,
έχει στερέψει."
Οι Γότθοι και Σλάβοι εισβολείς λεηλάτησαν τους Δελφούς, που είχαν επίσης την ατυχία να το χτυπήσουν και πολλοί καταστρεπτικοί σεισμοί.
Το 1891 έως 1893μ.Χ., έγιναν ανασκαφές στους Δελφούς και επαναφέρθηκαν στο φως το Θέατρο, το Στάδιο, το ιερό του Απόλλωνα, τα θησαυροφυλάκια και άλλα κτίρια, μαζί με 6000 επιγραφές από αγάλματα και άλλα έργα.