Με την πρωτοβουλία του Υπουργείου Πολιτισμού έγινε γόνιμος διάλογος με τους υπηρεσιακούς παράγοντες και το Σωματείο Εργαζομένων του ΥΠΠΟΑ, και διαμορφώθηκε λύση που διασφαλίζει την αυτόνομη λειτουργία των δύο μουσείων και η οποία θα αποτυπωθεί στον νέο Οργανισμό του ΥΠΠΟΑ. Όπως συμφωνήθηκε μεταξύ των δύο υπουργών Πολιτισμού και Παιδείας, η απαραίτητη συνεργασία των δύο υπουργείων, και ειδικότερα του ΜΕΛΜΟΚΕ με το Τμήμα Μουσικών Σπουδών και το Εργαστήριο Εθνομουσικολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ), θα καθοριστεί με κοινή υπουργική απόφαση στο νομοσχέδιο για τα Πνευματικά Δικαιώματα που θα κατατεθεί προς ψήφιση στη Βουλή. Μετά από αυτό αποσύρθηκε η σχετική ρύθμιση.
Έτσι διασφαλίζεται η απρόσκοπτη λειτουργία του ΜΕΛΜΟΚΕ ως προς το ερευνητικό και εκπαιδευτικό έργο του, σύμφωνα με τη δωρεά προς το ελληνικό Δημόσιο και τη σχετική απαίτηση του δωρητή Φοίβου Ανωγειανάκη, όπως αυτή εκφράζεται ρητά στο σχετικό κείμενο. Παράλληλα και το ΜΕΛΤ θα μπορέσει αυτόνομα να προσφέρει το έργο του, εν όψει της μεταφοράς του στο νέο χώρο της «Αυλής των Θαυμάτων»